Genomomfattande föreningsstudie identifierar nya lokaliseringar för typ 2-diabetes-tillskriven njursjukdom i slutstadiet hos afroamerikaner
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik146, Stephen S. Rich146, Stephen S. Rich , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* och FIND Consortium
Abstrakt
Bakgrund: Slutstadietnjuresjukdom(ESKD) är ett betydande folkhälsoproblem som oproportionerligt påverkar afroamerikaner (AA). Typ 2-diabetes (T2D) är den främsta orsaken till ESKD i USA, och ansträngningar för att avslöja genetisk känslighet för diabetisk njursjukdom (DKD) har haft begränsad framgång. En tidigare genomomfattande associationsstudie (GWAS) i AA med T2D-ESKD utökades med ytterligare AA-fall och kontroller och genotyper som tillskrivs referenspanelen 1000 Genomes med högre densitet. Upptäcktsanalysen inkluderade 3432 T2D-ESKD-fall och 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller (N = 10,409), följt av en diskrimineringsanalys i 2756 T2D-icke-nefropatikontroller för att utesluta T2D-associerade varianter.
Resultat:Sex oberoende varianter belägna i eller näraRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, ochAPOL1uppnått genomgående signifikant association (P <5×>−8) med T2D-ESKD. Efter utbyggnadsanalyser 1910icke-diabetikerESKD-fall och 908 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller, en metaanalys av 5342 AA ESKD-fall av alla orsaker och 6977 AA icke-diabetiska icke-nefropatikontroller avslöjade ytterligare ett nytt ESKD-lokus av alla orsakerEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ELLER=1.94). Uteslutningen avAPOL1njurrisk genotypbärare identifierade två ytterligare genomomfattande signifikanta T2D-ESKD-associerade loci vidGRAMD3ochMGAT4C. En andra variant klGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ELLER=1.46) förblev associerad med all-cause ESKD iAPOL1-negativ analys.
Slutsatser:Fynden ger ytterligare bevis för genetiska faktorer associerade med avancerad njursjukdom hos AA med T2D.
Nyckelord:Afroamerikaner, genomomfattande associationsstudie, typ 2-diabetes, diabetisk njursjukdom,Slutstadiet av njursjukdom
För mer information vänligen kontakta:emily.li@wecistanche.com
Introduktion
Allt fler bevis tyder på att genetiska faktorer spelar en stor roll i känsligheten för slutstadietnjuresjukdom(ESKD). Detta är särskilt relevant för afroamerikaner (AAs) där incidensen av ESKD är mer än tre gånger högre än europeiska amerikaner (EAs) [1]. Dödligheten för ESKD-, dialys- och transplantationspatienter är 136, 166 respektive 30 per 1000 patientår och står för 7,2 procent av Medicare-betalda skadekostnader [1]. Diabetes, varav 95 procent av patienterna har typ 2-diabetes (T2D), är fortfarande den vanligaste rapporterade orsaken till ESKD i USA och står för >44 procent av fallen [1]. Förbättringar i glykemiskt, lipid- och blodtryckskontroll har inte markant minskat förekomsten av diabetikernjuresjukdom(DKD) [1, 2]. Dessutom är familjär aggregering av DKD oberoende av socioekonomisk status och etablerade miljöriskfaktorer [3, 4]. Även om G1- och G2-allelerna i apolipoprotein L1-genen (APOL1) bidrar till 50–70 procent av icke-diabetisk ESKD i AA, förklarar de inte fullt ut överrisken för T2D-tillskriven ESKD (T2D-ESKD) i denna population [ 5–7].
Genomomfattande associationsstudier (GWAS) har identifierat > 70 genomomfattande signifikanta varianter associerade med kronisknjuresjukdom(CKD), albuminuri eller njurfunktion i europeiska härkomstpopulationer [8–11]. Men få loci var associerade med DKD i olika populationer och de replikerar inte konsekvent, delvis på grund av begränsade provstorlekar [12-18]. Etiologin för njurkomplikationer hos patienter med T2D är sannolikt mer heterogen än hos patienter med typ 1-diabetes [16]. Därför krävs noggrann fenotypning och större urvalsstorlekar för att förbättra statistisk kraft. För att utforska den genetiska arkitekturen för avancerad njursjukdom i T2D, utökade vi våra tidigare GWAS-insatser (2890 ESKD-patienter och 1719 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller) till ett större urval av AA med svårnjuresjukdom. Associationsanalyser utfördes i sex oberoende AA-kohorter (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; och kransartärriskutveckling hos unga vuxna, CARDIA) för T2D-ESKD eller icke-diabetisk ESKD genom en flerstegsstudiedesign (Fig. 1). Detta omfattade 15 075 AA klassificerade i fyra fenotypiska grupper: T2D-ESKD-fall (N=3432), icke-diabetiska icke-nefropatikontroller (N=6977), T2D-saknade nefropatikontroller (N {{16} }), och icke-diabetes ESKD-fall (N=1910).
I upptäcktsstadiet utfördes GWAS i 3432 T2D-ESKD-fall och 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller, följt av en diskrimineringsanalys för att utesluta T2D-associerade loci i 2756 T2D-icke-nefropatikontroller. Förlängningsanalyser utfördes i 1910 AA med icke-diabetisk ESKD och 908 icke-nefropatikontroller för att bedöma bidraget från T2D-ESKD-associerade loci till icke-diabetikernjuresjukdom. En metaanalys av diabetiska och icke-diabetiska ESKD-fall bedömde genetiska associationer i ESKD av alla orsaker. APOL1-associerade former av icke-diabetikernjuresjukdomoch T2D samexisterar ofta hos patienter. Som sådan många diabetespatienter mednjuresjukdomkan felklassificeras som att ha DKD, eftersom diagnostisknjurebiopsier utförs vanligtvis inte. Häri utfördes en andra GWAS-analys som exkluderade individer med APOL1-njurriskgenotyper för att minimera felklassificering av T2D-ESKD.
Resultat
Studieöversikt
Denna studie har > 80 procent kraft för att detektera vanliga varianter (MAF större än eller lika med 0,10) med måttlig effekt (ELLER större än eller lika med 1,3) vid en signifikansnivå på 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). Sammanlagt sju genomomfattande signifikanta loci (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Kliniska egenskaper hos studiedeltagare
Tabell 1 och 2 inkluderar detaljerade egenskaper hos studiedeltagare. ESKD-fall rekryterades från WFSM (Affy6.0, Axiom och MEGA), FIND och ARIC-studier. Individer med T2D-ESKD eller T2D-saknad nefropati var äldre (eller i liknande ålder) jämfört med kontrollerna för icke-diabetisk icke-nefropati vid rekrytering. Men medelåldern vid diagnos av T2D i T2D-ESKD-fall och T2D-saknad nefropatikontroller var yngre än icke-diabetiska icke-nefropatikontroller vid rekrytering. Alla T2D icke-nefropatikontroller och icke-diabetiker, icke-nefropatikontroller hade normal eGFR större än eller lika med 60 ml/min/1,73m2. Dessutom hade icke-diabetiska icke-nefropatikontroller fastande glukosnivåer < 126="" mg/dl.="" kontroller="" med="" t2d-saknad="" nefropati="" var="" mer="" överviktiga="" än="" t2d-eskd="" eller="" icke-diabetiska="" eskd-fall="" och="" icke-diabetiska,="" icke-nefropatikontroller,="" förutom="" att="" t2d-eskd-fall="" i="" aric,="" var="" mer="" överviktiga="" än="" de="" andra="">
Steg 1 och steg 2 T2D-ESKD associationsanalys
I upptäckten av steg 1 genomfördes GWAS separat i tre datauppsättningar: (1) 1513 T2D-ESKD-fall och 5299 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller genotypade på Affy6.0, bidragit av WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA och CARDIA (steg la); (2) 1700 T2D-ESKD-fall och 770 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller från WFSM genotypade med Axiom Biobanks genotypningsarray (steg 1b); och (3) 219 T2D-ESKD-fall och 908 icke-diabetiska, icke-nefropatikontroller från WFSM genotypade på MEGA (steg 1c). En metaanalys (steg 2) utfördes för att kombinera associationsresultat för 3432 T2D-ESKD-fall och 6977 icke-diabetiska, icke-nefropatikontroller från steg 1a, 1b och 1c. En inflationsfaktor λ på 1,013 observerades efter korrigering för genomisk kontroll (Ytterligare fil 1: Figur S1), vilket tyder på att befolkningsstruktur och kryptisk släktskap justerades tillräckligt. Bland varianter som visar suggestiva associationer (P < 1="" ×="" 10−5),="" exkluderades="" 59="" varianter="" med="" i2="" större="" än="" eller="" lika="" med="" 80="" procent="" på="" grund="" av="" hög="" heterogenitet="" i="" effektstorlekar="" över="" studier.="" totalt="" 478="" återstående="" varianter="" utvärderades="" i="" en="" diskrimineringsanalys="" (81="" av="" dem="" uppnådde="" genomomfattande="" betydelse;="" ytterligare="" fil="" 1:="" tabell="">
Steg 3 diskrimineringsanalys
För att avgöra om T2D-ESKD-föreningarna identifierade i steg 1 metaanalys drevs av association med T2D i sig, utfördes en diskrimineringsanalys för T2D som kontrasterade 2756 AA med T2D-saknad nefropati med 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller från steg 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Ytterligare fil 1: Tabell S3). Vi exkluderade därefter 174 av 478 T2D-ESK D-associerade varianter som nominellt är associerade med T2D i frånvaro av nefropati. Bland de återstående T2D-ESKD-föreningarna uppnådde toppvarianter som representerade 6 oberoende föreningar genomgående betydelse (tabell 3, fig. 2a). Den starkaste associationen observerades för rs9622363 belägen vid APOL1 (P=1.42 × 10−10, ELLER=0.77, EAF=0.45). Denna variant var i måttlig kopplingsdisequilibrium (r2=0.33 respektive 0.34 i YRI) med APOL1 G1-alleler (rs60910145, rs73885319) associerade med icke-diabetisk ESKD [6]. Den näst starkaste associeringen var vid rs58627064, en intergen variant belägen nära SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, ELLER=1.62, EAF=0.06). Två oberoende signaler, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , OR=0.74, EAF=0.23) och rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , ELLER=2.26, EAF=0.02) på kromosom 17 belägen nära ENPP7, var också signifikanta för hela genomet. Dessutom två associationer med T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , ELLER=1.67, EAF=0.05) belägna i GNG7 och rs72858591 (P=4.54 × 10−8, ELLER=1.43, EAF=0.10) som finns i RND3/RBM43 identifierades (Fig. 1a).
Steg 4 icke-diabetisk ESKD-analys och steg 5 ESKD-metaanalys av alla orsaker
Efter diskrimineringsstadiet testades 304 varianter som uppvisade suggestiv association med T2D-ESKD (P <1 ×="" 10−5)="" i="" 1910="" oberoende="" icke-diabetiska="" eskd-fall="" och="" 908="" kontroller="" från="" steg="" 1c.="" målet="" med="" steg="" 4-analysen="" var="" att="" utvärdera="" bidraget="" från="" t2d-eskd-associerade="" loci="" till="">njuresjukdom. Efter att ha exkluderat varianter med heterogenitet I2 Större än eller lika med 80 procent, var 25 varianter nominellt associerade med icke-diabetisk ESKD (P < 0,05).="" starka="" associationer="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" observerades="" i="" apol1-myh9-regionen,="" vilket="" bekräftar="" deras="" roll="" för="">njure sjukdom. En ESKD-metaanalys av alla orsaker, inklusive 5342 alla orsaker ESKD och 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller, utfördes för att utvärdera generaliserbarheten av de 25 T2D-ESKD-associerade varianterna med bredare former av ESKD (steg 5). Trettiofem genomomfattande signifikanta varianter vid två loci visade sig vara associerade med ESKD av alla orsaker, inklusive 15 varianter inom eller nära EFNB2 och 20 varianter vid APOL1 (Fig. 1b). Toppassociationen i APOL1 var rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), och toppsignalen nära EFNB2 var rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , ELLER=1.94, EAF=0.023) (Tabell 4, Fig. 2b). Fyra ytterligare oberoende loci visade suggestiv association (P <5 ×="" 10−6)="" med="" eskd="" av="" alla="" orsaker="" vid="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" och="" sybu/kcnv1="" (tabell="" 4,="" fig.="">
Associationsanalys exklusive APOL1-njurrisk-genotypbärare
En sekundär analys utfördes som exkluderade APOL1-njurrisk-genotypbärare i T2D-ESKD-fall och icke-diabetiska icke-nefropatikontroller (APOL1-negativ modell) för att berika för T2D-associerad ESKD. Baslinjemodellen visade ett starkt samband mellan APOL1 och MYH9 med T2D-ESKD (tabell 3, fig. 1a) vilket tyder på att vissa fall kan ha blivit felklassificerade och mer sannolikt hade icke-diabetisk ESKD. Totalt 664 T2D-ESKD-fall och 918 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller exkluderades från steg 1-analys, vilket lämnade 2768 T2D-ESKD-fall och 6059 kontroller i den APOL1-negativa modellen. Nominella associationer med T2D-ESKD (P <1 ×="" 10−5)="" observerades="" med="" 522="" varianter="" (66="" av="" dem="" uppnådde="" genomomfattande="" betydelse;="" ytterligare="" fil="" 1:="" tabell="" s2),="" och="" dessa="" valdes="" ut="" för="" diskrimineringsanalys="" i="" steg="" 3.="" tvåhundratjugotre="" varianter="" som="" hade="" bevis="" för="" samband="" med="" t2d="" i="" sig="" (ytterligare="" fil="" 1:="" tabell="" s4)="" och="" 24="" varianter="" som="" visade="" stark="" heterogenitet="" (i2="" större="" än="" eller="" lika="" med="" 80)="" i="" metaanalysen="" togs="" bort.="" bland="" de="" genomomfattande="" signifikanta="" varianterna="" som="" identifierats="" i="" baslinjemodellen="" visade="" rs142671759="" i="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" en="" konsekvent="" association="" med="" t2d-eskd="" i="" den="" apol1-negativa="" modellen.="" två="" ytterligare="" varianter="" nådde="" genomomfattande="" betydelse,="" rs75029938="" i="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" or="1.89," eaf="0.042)" och="" rs17577888="" i="" mgat4c-regionen="" (p="3.87" ×="" 10−8,="" eller="0.67," eaf="0.087)" (tabell="" 5,="" fig.="">
Vi testade vidare 275 suggestiva T2D-ESKD-föreningar som klarade diskriminering och hade I2 < 80="" i="" 1019="" ytterligare="" aa="" icke-diabetiska="" eskd-fall="" som="" uteslöt="" apol1-njurrisk-genotypbärare.="" femton="" varianter="" visade="" nominella="" tecken="" på="" samband="" med="" icke-diabetisk="" eskd.="" dessa="" testades="" därefter="" i="" en="" eskd-metaanalys="" av="" alla="" orsaker,="" inklusive="" 3="" 787="" eskd-fall="" av="" alla="" orsaker="" och="" 6="" 059="" icke-diabetiska="" icke-nefropatikontroller,="" varav="" bärare="" av="" apol1="" njurrisk-genotyp="" exkluderades.="" en="" 2-basparradering="" i="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8="" ,="" or="1.46," eaf="0.11)," uppnådd="" genom="" hela="" genomet="" signifikant="" samband="" med="" eskd="" av="" alla="" orsaker="" (fig.="" 3b).="" sju="" ytterligare="" loci="" visade="" nominell="" association="" med="" eskd="" av="" alla="" orsaker="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" inklusive="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" och="" su1lf52/linc="" (tabell="" 6).="" de="" översta="" associationerna="" från="" baslinjemodellen="" hade="" måttlig="" dämpningsinsignifikans,="" trots="" liknande="" effektstorlekar,="" delvis="" på="" grund="" av="" den="" minskade="" provstorleken="" (ytterligare="" fil="" 1:="" tabell="" s5).="" dessutom="" utfördes="" en="" tredje="" gwas="" med="" apol1="" inkluderad="" som="" en="" kovariat="" i="" modellen="" (apo="" l1-justerad="" modell)="" och="" jämförde="" −log="" (p)="" värden="" med="" baslinje="" och="" apol1-negativa="" modeller.="" en="" hög="" korrelation="" (personkorrelationskoefficient="" r="0.95)" observerades="" mellan="" apol1-justerade="" och="" apol1--="" negativa="" modeller.="" resultaten="" av="" alla="" tre="" jämförelserna="" ingår="" i="" den="" kompletterande="" dokumentationen="" (tilläggsfil="" 1:="" figur="">
Diskussion
Vi rapporterar resultaten av en GWAS med hög densitet som undersöker genetisk känslighet för T2D-ESKD i 15 075 AA. Toppvarianter associerade med T2D-ESKD bedömdes därefter för samband med icke-diabetisk ESKD, och en metaanalys utfördes för att testa deras generaliserbarhet till vanliga former av ESKD. Åtta oberoende associationer i sju genetiska loci visade genomomfattande signifikant association med T2D-ESKD i baslinjen eller APOL1-negativa modeller, inklusive RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 och MGAT4C. Förutom APOL1 var två genomomfattande signifikanta loci associerade med alla orsaker ESKD, EFNB2 och GNG7. Vidare visade 10 genetiska loci nominell association med ESKD av alla orsaker (P < 5="" ×="" 10−6="" ),="" inklusive="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" och="" sulf2/lin="">
Det mest signifikanta sambandet mellan T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) och ESKD av alla orsaker (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) i baslinjemodellen var en intronisk variant rs9622363 i APOL1-regionen associerad med icke-diabetikernjure sjukdomhos individer med afrikansk härkomst. Konditionering på APOL1 G1 och G2 alleler minskar dramatiskt dess betydelse [6]. rs9622363 rapporteras ändra transkriptionsfaktor (TF) bindande motiv (ytterligare fil 1: Tabell S6). I en nyligen genomförd studie bildade rs9622363 och APOL1 G1 alleler en haplotyp som uppnådde den starkaste associationen med CKD hos nigerianer [19]. Till skillnad från G1 eller G2 är den stora allelen i rs9622363 (G, EAF=0.57) associerad med risken för kronisk nyrekreatur. Efter att ha exkluderat APOL1-njurrisk-genotypbärare, försvagades associationen med rs9622363. Detta bekräftade att rs9622363 och APOL1 G1 och G2 alleler bidrar till samma signal. Identifiering av rs9622363 i baslinjemodellen kan tyda på felklassificering av vissa fall som T2D-ESKD.
En intergen variant (rs72858591) belägen mellan en GTPase-proteingen RND3 och RBM43, som kodar för RNA-bindande motivprotein 43, avslöjade en genomomfattande signifikant association med T2D-ESKD. Det är associerat med förändringar av TF-bindande motiv och överlappar med både promotor- och förstärkarregioner (ytterligare fil 1: Tabell S6). En oberoende intergen variant (rs7560163, r2=0.01, YRI) i denna region var tidigare associerad med T2D i AAs [20]. Däremot var rs72858591 inte associerat med T2D (P=0.073) i den aktuella studien. Detta kan tyda på att två olika uppsättningar av variationer i detta lokus oberoende bidrar till T2D och T2D-ESKD, en möjlig pleiotrop effekt. Två oberoende varianter (rs142563193 och rs142671759) som var genomomfattande signifikant associerade med T2D-ESKD är belägna nära ENPP7. Dessa varianter överlappar med förstärkar- och promotorregioner, DNas-överkänsliga toppar och/eller TF-bindande motiv (Ytterligare fil 1: Tabell S6). Proteinet som kodas av ENPP7 är ett intestinalt alkaliskt sfingomyelinfosfodiesteras som omvandlar sfingomyelin till ceramid och fosfokolin. ENPP7 sägs påverka kolesterolabsorptionen [21], och många studier tyder på att högdensitetslipoproteinkolesterolnivåer är riskfaktorer för CKD hos patienter med diabetes [22–24].
Två varianter lokaliserade i GNG7 var associerade med antingen T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8 , baslinjemodell) eller ESKD av alla orsaker (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-negativ modell). Rs4807299 är associerad med förändringar av TF-bindande motiv och överlappar med både promotor- och förstärkarregioner (Ytterligare fil 1: Tabell S6). GNG7 kodar för G Protein Subunit Gamma 7, involverad i centrala nervsystemets funktion [25] och cancerrisk [26, 27].
Eftersom afroamerikaner med diabetes och proteinuri ofta inte får en diagnostisk njurbiopsi, antas deras ESKD vanligtvis ha orsakats av DKD. Men APOL1-associerade icke-diabetikernjuresjukdomkan vara den sanna orsaken till njursjukdom hos många sådana patienter. Analyser som exkluderade APOL1-njurrisk-genotypbärare skapade en mer homogen fallgrupp och gav en möjlighet att avslöja den genetiska arkitekturen hos T2D-ESKD som är oberoende av APOL1-effekten. I den APOL1-negativa modellen, förutom att replikera ENPP7 identifierad i baslinjemodellen, två nya loci
uppnått genomgående signifikant samband med T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) och MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8 ). Funktionell anteckning antydde att båda varianterna är samlokaliserade med TF-bindande motiv. Rs75029938 kan falla in i förstärkar- och promotorregioner, och rs17577888 var associerad med transkriptöverflöd av FLVCR1-genen i perifera blodmonocyter (P=6.41 × 10-6; Ytterligare fil 1: Tabell S6). Genetisk variation i GRAMD3 har associerats med fett i en multietnisk genomomfattande metaanalys [28]. Tidigare studier tyder på att fetma är en stor riskfaktor för DKD [29]. MGAT4C kodar för Mannosyl (Alfa-1,3-)-Glykoprotein Beta-1,4-N-acetylglukosaminyltransferas, isozym C, som deltar i överföringen av N-acetylglukosamin (GlcNAc) till kärnmannosresterna av N-länkade glykaner. Den potentiella inblandningen av MGAT4C i DKD kräver ytterligare studier.
Denna analys inkluderade en kohort av AA med icke-diabetisk ESKD för att utvärdera generaliserbarheten av T2D-ESKD-associerade loci i vanliga former av CKD. Metaanalysen som kombinerade fall med T2D-ESKD och icke-diabetisk ESKD identifierade två nya genomomfattande signifikanta loci associerade med ESKD av alla orsaker förutom APOL1; rs77113398 nära EFNB2 (P=9.84 × 10−9; baslinjemodell) och rs373971520 i GNG7 (2.17 × 10−8; APOL1-negativ modell). Rs77113398 överlappar med förstärkare, promotorregioner och DNase-toppar (ytterligare fil 1: Tabell S6). Tidigare genomsökningar i AA identifierade signifikanta bevis för koppling till ESKD på kromosom 13q33 inklusive EFNB2-regionen i både diabetisk ESKD och icke-diabetisk ESKD [30, 31]. En uppföljningsstudie undersökte 28 taggningsvarianter som spänner över 39 kilobaser (kb) av EFNB2-kodningsregionen visade nominella samband mellan två varianter och ESKD av alla orsaker [32]. Dessa rapporterade varianter var dock inte korrelerade med rs77113398. Efrin-B2 (EFNB2) uttrycks i det utvecklande nefronet; interaktioner mellan efrin-B2 och dess receptorer spelar en viktig roll i glomerulär mikrovaskulär sammansättning [33]. Dessutom skyddar ephrin-B2 omvänd signalering mot peritubulär kapillär sällsynthet genom att reglera angiogenes och vaskulär stabilitet undernjureskada[34]. Ephrin-B1 samlokaliserar också med CD2-associerat protein (CD2AP) och nefrin vid podocytslitsdiafragman och spelar en viktig roll för att upprätthålla barriärfunktionen vid spaltdiafragman [35]. Ephrin B4 receptor kinas transgena möss utvecklar glomerulopati, manifesterad av sammansmälta afferenta och efferenta arterioler som går förbi glomeruli [36]. Således stödjer flera bevislinjer den potentiella EFNB2-associationen med CKD, och det är den mest lovande orsaksgenen som ligger bakom associationen av rs77113398.
Denna studie har styrkor och begränsningar. Även om flerstegsstudiedesignen var väldriven inklusive 15 075 AA, saknade den replikering av T2D-ESKD-associationer, särskilt för sällsynta varianter. Dessutom visade flera genomomfattande signifikanta signaler signifikant olika effektstorlekar över stadier, vilket sannolikt berodde på skillnader i provstorlek mellan stadier, och en konsekvens av "vinnarens förbannelse", ett fenomen som beskriver att den verkliga genetiska effektstorleken är överskattad på grund av det första positiva fyndet. Framtida replikering behövs för att bekräfta dessa fynd. Det finns få andra befintliga samlingar med lämpliga prover i AA; detta begränsade replikeringsarbete. Dessutom är det svårt att utesluta alla individer som felklassificerats med DKD på grund av den frekventa bristen på njurbiopsier. Därför uteslöt vi noggrant prover med ESKD tillskrivna icke-diabetiska etiologier baserade på kliniska fenotyper och exkluderade därefter APOL1-njurrisk-genotypbärare med hög risk för icke-diabetisk ESKD. Detta bör minimera felklassificering.
Slutsats
Sammanfattningsvis genomfördes en GWAS i AA med T2D-ESKD och sju genetiska loci visade genomomfattande signifikanta bevis på association, inklusive RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 och MGAT4C. Utöver APOL1, EFNB2 och GNG7 var också associerade med icke-diabetisk ESKD och avslöjade en genomomfattande signifikant association med ESKD av alla orsaker. Framtida undersökningar inklusive genetisk replikering och experimentell validering av dessa nyligen identifierade föreningar krävs för att bedöma deras potentiella inverkan på de biologiska processer som leder till avancerad DKD i populationer med nyligen afrikansk härkomst.
Metoder
Studiedeltagare
Studiedeltagare rekryterades av Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2) }}), studie av aterosklerosrisk i samhällen (ARIC; N=2221), kransartärriskutveckling hos unga vuxna (CARDIA; N=912) och multietnisk studie av ateroskleros (MESA; N { {6}}). Analyser godkändes av lokala institutionella granskningsnämnder och alla deltagare lämnade skriftligt informerat samtycke. Fall ansågs ha T2D-ESKD, inklusive svår DKD, när diabetes diagnostiserades mer än eller lika med 5 år före uppkomsten av ESKD eller med diabetisk retinopati för att säkerställa adekvat T2D-duration, med njurersättningsterapi, uppskattad glomerulär filtrationshastighet ( eGFR) Mindre än eller lika med 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), eller urin albumin till kreatinin ratio (UACR) Större än eller lika med 300 mg/g (makroalbuminuri). Deltagare med CKD4 eller makroalbuminuri (N=138) inkluderades som fall på grund av deras höga risk att utveckla ESKD. T2D diagnostiserades enligt American Diabetes Associations kriterier med ett fastande blodsocker högre än eller lika med 126 mg/dl, 2-h oralt glukostoleranstest glukos större än eller lika med 200 mg/dl, slumpmässigt glukos högre än eller lika med 200 mg/dl, användning av diabetesmediciner eller läkarediagnostiserad diabetes. Fall med icke-diabetisk ESKD saknade diabetes (eller hade T2D i < 5="" år)="" vid="" initiering="" av="" njurersättningsterapi,="" och="" eskd="" tillskrevs="" kronisk="" glomerulär="" sjukdom="" (t.ex.="" fokal="" segmentell="" glomeruloskleros),="" hiv-associerad="" nefropati,="" hypertoni="" eller="" okänd="" orsak.="" patienter="" med="" eskd="" som="" tillskrivs="" kirurgiska="" eller="" urologiska="" orsaker,="">njursjukdom, autoimmun sjukdom, hepatit, IgA nefropati, membranös glomerulonefrit, membranproliferativ glomerulonefrit eller monogennjuresjukdomarvar uteslutna. Icke-diabetiska icke-nefropatikontroller inkluderade deltagare utan diabetes ellernjure sjukdom(eGFR större än eller lika med 60 ml/min/1,73 m2 och UACR < 30="" mg/g).="" försökspersoner="" med="" t2d-saknad="" nefropati="" hade="" egfr="" större="" än="" eller="" lika="" med="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" och="" uacr="">< 30="">
Provberedning, genotypning, imputering och kvalitetskontroll
Studiedeltagarna genotypades genomgående genom att använda tre olika plattformar: (1) 8704 prover rekryterade från WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA och FIND genotypades på Affymetrix Genome-wide Human singelnukleotidpolymorfism (SNP) array 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 prover rekryterade från WFSM genotypades på Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); och (3) 3238 prover rekryterade från WFSM genotypades på Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kvalitetskontroll och imputering utfördes separat av varje genotypningsplattform som beskrivs nedan.
Varianter som klarade kvalitetskontroll (QC) tillskrivs en kombinerad haplotypreferenspanel inklusive 1000 Genomes fas 3 kosmopolitiska referenspanelen (oktober 2014 version) [37] och en version av African Genome Variation Project (AGVP) referenspanel inklusive 640 Afrikanska härkomst haplotyper vänligen tillhandahållna av det afrikanska partnerskapet förForskning om kroniska sjukdomaroch Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Förfasning utfördes med SHAPEIT2 [39], och imputering utfördes med IMPUTE2 [40]. Postimputation QC utfördes för att utesluta varianter med allelfelmatchning eller med stor frekvensskillnad (större än eller lika med 0.2) med referenspanelen (0.2 × frekvens i EUR plus {{ 13}},8 × frekvens i AFR) och imputationsinformationspoäng < 0,4.="" en="" undergrupp="" av="" prover="" genotypades="" direkt="" för="" apol1="" g1-="" och="" g2-varianter="" med="" användning="" av="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" överensstämmelsen="" var="" 95="" procent="" med="" imputerade="">
Affy6.0 datauppsättningar
Som beskrivits tidigare [41], genotypades 1513 T2D-ESKD-fall, 5299 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller och 1892 T2D-icke-nefropatikontroller från WFSM-, FIND-, JHS-, ARIC-, CARDIA- och MESA-kohorter med Affy6.{{ 11}} (Tabell 1). I varje studie användes standard QC-mått för att utesluta varianter med samtalsfrekvens < 95="" procent="" ,="" mindre="" allelfrekvens="" (maf)="">< 0.01,="" eller="" visar="" avvikelse="" från="" hardy-weinberg="" equilibrium="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" prov-qc="" utfördes="" för="" att="" utesluta="" försökspersoner="" med="" samtalsfrekvens="">< 95="" procent,="" dna-kontaminering,="" dubbletter="" eller="" avvikande="" populationer.="" med="" tanke="" på="" att="" cardia,="" jhs="" och="" mesa="" saknade="" fall="" med="" t2d-eskd,="" kombinerades="" prover="" från="" dessa="" studier="" för="" imputations-="" och="" associationsanalyser="" tillsammans="" med="" wfsm,="" find="" och="">
Axiom dataset
Vid WFSM genotypades 1700 AA-fall med T2D-ESKD, 770 AA-kontroller utan diabetes eller nefropati och 663 AA-kontroller med T2D som saknade nefropati på en anpassad Axiom-genotypningsarray (tabell 2). Detaljerad variantinformation, anpassad innehållsdesign, inklusive finkartläggning av kandidatregioner, genotypningsmetoder och QC rapporterades tidigare [42]. I korthet inkluderade denna array ungefär 264 000 kodande varianter och insättningar/deletioner (indelar), 70 000 förlust-av-funktionsvarianter, 2 000 farmakogenomiska varianter, 23 000 eQTL-markörer, 246 000 multietniska populationsbaserade genomomfattande taggmarkörer och 115 000 anpassade innehållsmarkörer. Varianter med samtalstaxor < 95="" procent,="" avgång="" från="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" och="" monomorfa="" varianter="" exkluderades.="" totalt="" 724="" 530="" varianter="" anropades="" framgångsrikt="" för="" nedströms="" qc,="" imputering="" och="" analyser.="" prov="" qc="" utfördes="" för="" att="" utesluta="" individer="" med="" låga="" samtalshastigheter="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA dataset
Vid WFSM genotypades 191 0 icke-diabetiska ESKD-fall, 219 T2D ESKD-fall, 201 kontroller med T2D som saknade nefropati och 908 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller på MEGA-matrisen (tabell 2). Denna array designades för att förbättra finkartläggning och funktionell upptäckt genom att öka varianttäckningen över flera etniciteter. Arrayen inkluderar (1) ryggradsinnehåll som innehåller mycket informativa varianter för GWAS och exome-analyser i förfäders olika populationer och (2) anpassat innehåll som används för att replikera eller generalisera index GWAS-associationer, utöka GWAS-taggningsvarianter i prioriterade regioner, förbättra exome-innehåll i prioriterade regioner , finkarta GWAS-loci, identifiera funktionella regulatoriska varianter, utforska medicinskt viktiga varianter och identifiera nya variantloci i kandidatvägar [43]. Genotypning utfördes vid WFSM. DNA från fall och kontroller interfolierades lika på 96-brunnsplattor för att minimera artefaktiska fel under provbearbetningen. Totalt 48 prover sekvenserade som en del av 1000 Genomes Project [44] vid Coriell Institute for Medical Research inkluderades i genotypning och hade en överensstämmelsegrad på 98,57 procent. Genotypanrop utfördes med Genome Studio (Illumina, CA, USA). Varianter med saknad position, saknad allel, allelfelmatchning, samtalsfrekvens < 95="" procent,="" avgång="" från="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvensskillnad=""> 0,2 jämfört med 1000 Genome Project fas 3 referenspanel och monomorfa varianter togs bort. Flera sonduppsättningar jämfördes och endast den med högst samtalshastighet behölls. Totalt 1 705 970 varianter anropades framgångsrikt för nedströms QC, imputering och analyser. Prov QC utfördes för att utesluta individer med låg samtalshastighet (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistisk analys
Upptäcktsstadiet
Vi använde en flerstegsstudiedesign för att identifiera varianter associerade med T2D-ESKD och deras potentiella roll i ESKD av alla orsaker. I upptäcktsstadiet inkluderades 3432 T2D-ESKD-fall och 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller från alla tre datamängder (Fig. 1). Associationsanalys utfördes för varje dataset med hjälp av en logistisk blandad modellmetod implementerad i programmet GMMAT [45] under en additiv genetisk modell. Denna metod kontrollerar populationsstruktur och kryptisk släktskap genom att inkludera en genetisk relationsmatris (GRM) uppskattad från en uppsättning autosomala varianter av hög kvalitet som en slumpmässig effekt. Den huvudsakliga komponentanalysen utfördes med hjälp av EIGENSOFT [46] för varje genotypningsplattform. Den första egenvektorn (PC1) tillsammans med ålder och kön användes som kovariater. En metaanalys utfördes i de tre datamängderna med hjälp av en invers variansviktningsmetod med fast effekt implementerad i METAL [47]. Suggestiva associationer för T2D-ESKD med P < 1="" ×="" 10−5="" ,="" mindre="" alleler="" (mac)=""> 400 och heterogenitet I2 < 80="" valdes="" ut="" för="">
Diskrimineringsstadiet
För att avgöra om förmodade T2D-ESKD-associerade loci i upptäcktsstadiet drevs av associationer med T2D i sig, en metaanalys som kombinerade 2756 AA med T2D-saknad nefropati och 6977 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller från de tre datamängderna (Affy6 .0, Axiom och MEGA) utfördes (steg 3, Fig. 1). Varianter som visade nominell association (P < 0.05)="" med="" t2d="" exkluderades="" för="" att="" ta="" bort="" t2d-associerade="">
Förlängningsanalys av icke-diabetisk ESKD och metaanalys av ESKD av alla orsaker
Genetiska varianter som visade suggestiv association med T2D-ESKD (P < 1 × 10−5) men inte associerade med T2D undersöktes i en icke-diabetisk ESKD-kohort inklusive 1910 icke-diabetiska ESKD-fall och 908 icke-diabetiska icke-nefropatikontroller från WFSM-MEGA dataset för association med icke-diabetiska etiologier avnjursjukdom(steg 4). Varianter som visar nominell association (P < 0.05)="" testades="" i="" en="" metaanalys="" av="" eskd="" av="" alla="" orsaker="" med="" användning="" av="" alla="" t2d-eskd,="" icke-diabetiska="" eskd="" och="" kontroller="" från="" de="" tre="" datamängderna="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (fig.="" 1).="" denna="" metaanalys="" utvärderade="" om="" t2d-eskd-föreningar="" bidrog="" till="" risken="" för="" eskd="" av="" alla="" orsaker.="" vi="" letade="" också="" upp="" våra="" bästa="" njursjukdomsassocierade="" varianter="" för="" förmodad="" association="" med="" t2d="" i="" aa="" från="" media-konsortiet="" (n="15" 043="" fall="" och="" 22="" 318="" kontroller);="" snp="" med="" p=""><0,05 efter="" flera="" jämförelsekorrigeringar="" togs="">
Uteslutning av APOL1 risk genotypbärare
APOL1 G1 och G2 allelerna bidrar till risken föricke-diabetisk njursjukdom[6, 48]. För att minimera felklassificering av T2D-ESKD, utfördes en andra analys som exkluderade APOL1-bärare med två njurriskvarianter och de med saknade APOL1-genotyper från T2D ESKD-fall och icke-diabetiska icke-nefropatikontroller (APOL1-negativ modell) ). Denna analys minskade heterogeniteten i befolkningen trots att urvalsstorleken minskade och den hade lägre statistisk styrka. Specifikt 308 T2D-ESKD-fall och 630 kontroller från Affy6.0-datauppsättningarna, 323 T2D-ESKD-fall och 113 kontroller från Axiom-datauppsättningen och 33 T2D-ESKD-fall och 175 kontroller från MEGA-datauppsättningen togs bort. Dessutom tog vi bort 891 av 1910 års ESKD-fall. Denna analys kan avslöja effekterna av andra icke-diabetiska ESKD-loci bortom APOL1. Individer ansågs vara bärare av njurriskvariant av APOL1 om de bar två G1-alleler (rs60910145 G-allel, rs73885319 G-allel), två G2-alleler (rs143830837, 6 baspars deletion i läsramen) eller var sammansatta G1- och en (en heterozygot) G2 allel) [6].
Funktionell karaktärisering
Proxyer för genomomfattande signifikanta T2D-ESKD-associerade varianter (r2 Större än eller lika med 0.7 i 1000 Genomes AFR-population) från baslinjen och APOL1-negativa modeller valdes ut med LDlink [49 ]. De ledande varianterna och proxyservrarna frågades sedan efter funktionella kommentarer från HaploReg [50], som inkluderade kromatintillstånd och proteinbindningskommentarer från Roadmap Epigenomics [51] och ENCODE-projekt [52], sekvenskonservering över däggdjur, effekten av varianter på regulatoriska motiv och genuttryck från QTL-studier.
Cistanche deserticola förebygger njursjukdom, klicka här för att få provet
Referenser
1. USA:s njurdatasystem. 2016 USRDS årliga datarapport: Epidemiologi av njursjukdom i USA. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Temporala trender i prevalensen av diabetisk njursjukdom i USA. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Familjerisk, ålder vid debut och orsak till njursjukdom i slutstadiet hos vita amerikaner. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806-10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Familjär predisposition för nefropati hos afroamerikaner med icke-insulinberoende diabetes mellitus. Am J Kidney Dis. 1995;25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Missense-mutationer i APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Förening av trypanolytiska ApoL1-varianter med njursjukdom hos afroamerikaner. Vetenskap. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. APOL1 genetiska varianter i fokal segmentell glomeruloskleros och HIV-associerad nefropati. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Flera nya loci associerade med njurfunktion och kronisk njursjukdom: CKDGen-konsortiet. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Genomomfattande association och funktionell uppföljning avslöjar nya loci för njurfunktion. PLoS Genet; 8. Epub före tryckning mars 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetiska associationer vid 53 loci framhäver celltyper och biologiska vägar som är relevanta för njurfunktionen. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Användning av flera mått för kvantitativa egenskaper associationsanalyser: applicering på uppskattad glomerulär filtrationshastighet (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Genomomfattande sökning efter känslighetsgen för diabetisk nefropati genom genbaserad SNP. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Genomomfattande associationsskanning efter känslighetsgener för diabetisk nefropati vid typ 1-diabetes. Diabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. En genomomfattande associationsstudie för gener för diabetisk nefropati hos afroamerikaner. Kidney Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Nya mottaglighetsställen associerade med njursjukdom vid typ 1-diabetes. PLoS Genet. 8. Epub före tryckning september 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Det genetiska landskapet av njurkomplikationer vid typ 1-diabetes. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Genomomfattande association och transetnisk metaanalys för avancerad diabetisk njursjukdom: Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Transetnisk fin kartläggning framhäver njurfunktionsgener kopplade till saltkänslighet. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Genetisk variation i APOL1- och MYH9-gener är associerad med kronisk njursjukdom bland nigerianer. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. En genomomfattande föreningssökning efter typ 2-diabetesgener hos afroamerikaner. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Alkaliskt sfingomyelinas (NPP7) främjar kolesterolabsorption genom att påverka sfingomyelinnivåerna i tarmen: en studie med NPP7 knockoutmöss. Am J Physiol Gastrointest Lever Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Högdensitetslipoproteinkolesterol och risken för nefropati hos typ 2-diabetespatienter. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Effekt av högdensitetslipoproteinkolesterol på förhållandet mellan serumjärn och hemoglobin med njurfunktion vid diabetes. J Diabetes Complicat Epub före tryckning 29 mars 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Variabilitet i HbA1c, blodtryck, lipidparametrar och serumurinsyra och risk för utveckling av kronisk njursjukdom vid typ 2-diabetes. Diabetes Obes Metab Epub före tryckning 21 april 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Förlust av G-protein gamma 7 förändrar beteendet och minskar striatal alfa(olf)-nivå och cAMP-produktion. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinisk betydelse av det minskade uttrycket av G-protein gamma 7 (GNG7) i esofaguscancer. Br J Cancer. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identifiering av guaninnukleotidbindande protein -7 som en epigenetiskt tystad gen i huvud- och halscancer genom profilering av genuttryck. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. Multietnisk genomomfattande metaanalys av ektopiska fettdepåer identifierar loci associerade med adipocytutveckling och differentiering. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prediktorer för uppskattad GFR-minskning hos patienter med typ 2-diabetes och bevarad njurfunktion. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. En genomskanning för diabetisk nefropati hos afroamerikaner. Kidney Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. En genomskanning för njursjukdom i slutstadiet av alla orsaker hos afroamerikaner. Nephrol Dial Transplantation. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Associationsanalys av ephrin-B2-genen hos afroamerikaner med njursjukdom i slutstadiet. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Temporärt kompartmentaliserat uttryck av efrin-B2 under renal glomerulär utveckling. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. EphrinB2 omvänd signalering skyddar mot kapillärförsämring och fibros efter njurskada. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 lokaliseras vid spaltdiafragman i den glomerulära podocyten. Kidney Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. EphB4-receptortyrosinkinas-transgena möss utvecklar glomerulopatier som påminner om glomerulära vaskulära shunts. Mech Dev. 2003;120:511–6.
37. 1000 Genomes Project Consortium. En global referens för mänsklig genetisk variation. Natur. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Det afrikanska genomvariationsprojektet formar medicinsk genetik i Afrika. Natur. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. En linjär komplexitetsfasningsmetod för tusentals genom. Nat Methods. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. En ny flerpunktsmetod för genomomfattande associationsstudier genom imputering av genotyper. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Överförbarhet och fin kartläggning av typ 2-diabetesloci i afroamerikaner: Candidate Gene Association Resource Plus Study. Diabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Förening av njurstrukturrelaterade genvarianter med typ 2-diabetes tillskriven njursjukdom i slutstadiet hos afroamerikaner. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategier för att berika varianttäckning i kandidatsjukdomslokus på en multietnisk genotypningsarray. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. 1000 Genomes Project Consortium. En karta över mänskligt genoms variation från sekvensering i populationsskala. Natur. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. kontroll för populationsstruktur och släktskap för binära egenskaper i genetiska associationsstudier via logistiska blandade modeller. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Populationsstruktur och egenanalys. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: en snabb och effektiv metaanalys av genomomfattande associationsskanningar. Bioinformatik. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Differentiella effekter av MYH9 och APOL1 riskvarianter på FRMD3 association med diabetisk ESRD hos afroamerikaner. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: en webbaserad applikation för att utforska populationsspecifik haplotypstruktur och länka samman korrelerade alleler av möjliga funktionella varianter. Bioinformatik. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: en resurs för att utforska kromatintillstånd, bevarande och förändringar av regulatoriska motiv inom uppsättningar av genetiskt kopplade varianter. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Roadmap Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. integrativ analys av 111 mänskliga referensepigenom. Natur. 2015;518:317–30.
52. ENCODE-projektkonsortiet. En integrerad encyklopedi av DNA-element i det mänskliga genomet. Natur. 2012;489:57–74.
