Mekanismer för östrogenliknande effekter av Cistanche Deserticola glykosider: Insikter från Network Pharmacology and Transcriptomics

3. Experimentella resultat

3.1 Resultat av nätverksfarmackologanalys

3.1.1 Nätverksanalys av östrogenliknande effekter av GC: s aktiva komponenter

Totalt 40 föreningar i GC: er (tabell 1) analyserades med hjälp avTcmsp, Symt, Etcm, SyochQSAR (QSAR)Databaser. Efter avlägsnande av duplikat samlades 183 mål. Från denGenkortochOmimDatabaser, "östrogenbrist" eller "låga östrogennivåer" användes som nyckelord för att hämta sjukdomsrelaterade mål. Att kombinera målen från både källor och ta bort duplikat resulterade i 1 712 sjukdomsmål.

AnvändningCytoScape v3.9.1, ett "Compound - Target" (CT) -nätverk visualiserades (figur 1). Nätverket inkluderade 223 noder: 40 noder som representerar de aktiva komponenterna i GC: er och 183 noder som representerar målen, anslutna med 253 kanter. Med hjälp av Venn Diagram Online-plattformen gav skärningspunkten mellan de 40 GCS-specifika målgenerna och östrogenliknande målgener 72 överlappande "GCS-östrogenliknande" målgener (figur 2).

 

Cistanche -tillskott för manlig sexuell dysfunktion

Whatsapp oss för mer information

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Screening av kärnmål och PPI -nätverksanalys

De topologiska parametrarna för nätverket (grad, mellanhetscentralitet och närhetscentralitet) analyserades. Medianvärdena för dessa parametrar användes som trösklar. Mål som uppfyller alla tre tröskelkriterierna valdes som kärnmål för östrogenliknande effekter av GCS. Totalt identifierades 24 kärnmål. AnvändningCytoScape v3.9.1, ett "sammansatt - kärnmål - östrogenliknande" nätverk visualiserades (figur 3). Dessutom konstruerades ett PPI -nätverk av kärnmålen (figur 4).

 

3.1.3 GO Functional och Kegg Pathway Anrichment Analys

Från GO -funktionsanalysen identifierades 35 betydande poster. Baserat på korrigerade p-värden valdes de 20 bästa vägarna (figur 6). Dessa involverade främst molekylfunktioner såsom cytokinreceptorbindning, östrogenreceptorbindning, tillväxtfaktorreceptorbindning och kärnreceptoraktivitet.

KEGG -väganrikningsanalys identifierade 83 signifikanta signalvägar. De 20 bästa vägarna, rankade med korrigerade p-värden, visualiserades (figur 7). Viktiga östrogenrelaterade vägar inkluderade:

Tumörnekrosfaktor (TNF) signalväg

Interleukin -17 (il -17) signalväg

Hypoxia-inducerbar faktor -1 (hif -1) signalväg

Östrogen signalväg

Dessa vägar spelar kritiska roller i östrogenliknande effekter av GC: er.

3.2 Integration med transkriptomiska data

3.2.1 Korrelationsanalys mellan förutsagda mål och transkriptomiska data

Med hjälp avHgncDatabas, de 24 kärnmålgenerna som förutses av nätverksfarmacologi omvandlades till homologa råttgener, vilket resulterade i 31 gener. Efter att ha tagit bort duplikat återstod 29 gener. Genom att jämföra med transkriptomiska data, alla 29 kärnmål (utomMcl1ochGcg) visade genuttrycksförändringar. Resultaten visas i tabell 2.

3.2.2 Korrelationsanalys mellan KEGG -vägar från Network Pharmacology and Transcriptomics

Efter att ha konverterat kärnmålgenerna till homologa råttgener genomfördes KEGG -väganrikningsanalys. Totalt 1 0 8 vägar (med padjust <0. 05) identifierades för kärnmålgenerna. KEGG -anrikningsanalys av transkriptomiska sekvenseringsdata identifierade 107 vägar (med padjust <0,05). Resultaten av korrelationsanalysen mellan nätverksfarmacologi och transkriptomik visas i figur 8.

Det fanns 68 överlappande vägar, inklusive:

Östrogen signalväg

lägeresignalväg

TNF -signalväg

De överlappande vägarna stod för mer än 60% av de totala vägarna.